Az Alapító jogi képviselőjének – NOVOFER Zrt vezérigazgatójának – felkérésére hat fős kuratórium irányítja az Alapítvány munkáját és végzi a Gábor Dénes-díj odaítélését. Munkáját egy szakmai menedzser, valamint az Alapítvány titkára segíti. Az alapító okiratban foglaltaknak és a jogszerű működésnek való megfelelést három tagú felügyelő bizottság ellenőrzi. Az Alapítvány adminisztratív működésének feltételeit – az Alapítvány székhelyét – az alapító biztosítja csakúgy, mint a szükséges anyagi források egy részét. A források másik részét a támogató szervezetek, hatóságok, magánszemélyek hozzájárulásai, továbbá – esetenként – elnyert pályázatok biztosítják.

A Kuratórium elnökének feladatai

Az alapítványi célok végrehajtása csak megfelelő anyagi háttér esetén biztosítható. Az alapteremtés érdekében a kuratórium tagjai, az alapító, a menedzser és a titkár – kuratórium elnökének együttműködésével, irányításával és felügyeletével – felkutatja azokat a szervezeteket, akikkel érdemi tárgyalások folytathatók az alapítványi célkitűzések szakmai, erkölcsi, anyagi támogatásának módjáról és mértékéről. Ide tartoznak a programokat esetileg támogatók, az Alapítvány egyszeri vagy tartós támogatását célzó szerződéses kapcsolatok.
A célok valóra váltásához elengedhetetlenül szükséges a kiépített kapcsolatok fenntartása, ápolása. E körbe tartoznak az Alapítvány szakmai-erkölcsi támogatói, (például a kormány tagjai, a Nyilatkozatot aláírók, a műszaki-tudományos életben ill. az innovációban szerepet vállaló szervezetek, mint pl. az egyetemek, főiskolák, kamarák, szövetségek, alapítványok, egyesületek, nagyvállalatok vezető tisztségviselői, stb. valamint a korábbi években kitüntetettek), továbbá a díjra-méltó tevékenységeket végző cégek, kutatóintézetek és szakmai szervezetek.
Az elnök feladata továbbá az Alapítvány alkalmazottjai felett a munkáltatói jogok gyakorlása, fejlesztési és működtetése munka irányának meghatározása, annak irányítása, a kuratóriumi ülések összehívása, levezetése, a Kuratórium ill. az Alapítvány képviselete.

A menedzser feladatai

Elsősorban a Gábor Dénes-díj meghirdetésével és átadásával kapcsolatos valamennyi munka operatív irányítása, a névadó emlékének, szellemi örökségének ápolása, eredményeinek széleskörű megismertetését biztosító akciók szervezése.
A Kuratórium által feltárt kapcsolatok ápolásával elősegíti:
a felterjesztések számának és minőségének növelését,
a felhívás szaksajtóban való, minél szélesebb körű és ingyenes megjelentetését,
a felterjesztések esetleges zsűrizésére szaktekintélyek megnyerését,
a díjátadási ünnepségen prominens személyek megjelenését,
a díjátadási ünnepségen való részvételre miniszterek, közjogi méltóságok megnyerését,
a díjátadási ünnepségre a média képviselőinek mozgósítását,
az egyéb alapítványi célok megvalósulását. (pl. Gábor Dénes emlékének ápolása, a középiskolás- és egyetemi természettudományos orientációt segítő tudományos diákköri munka ösztönzése, a díjazottak által képviselt ismeretek, tapasztalatok átadásának szervezése)
A célok valóra váltásához elengedhetetlenül szükséges a feltárt kapcsolatok fenntartása, valamint a Média (sajtó, szaksajtó, rádió, TV) képviselőinek állandó szervezése.
A menedzseri tevékenység része továbbá az alapítványi működés biztosítása, az ehhez szükséges feltételek megteremtése, a célokkal összhangban álló koncepciók, programok kidolgozása, a kuratóriumi döntések végrehajtása, illetve a végrehajtás segítése.

Az ügyvezető feladatai

Az Alapítvány működtetésével kapcsolatos komplex ügyvitel, az operatív teendők (pl.: adatszolgáltatás, jelentés, átutalás, számlázás, pénzügyi befektetés, analitikus nyilvántartás, közhasznú és egyéb beszámolók, pályázatok, a kuratóriumi határozatok végrehajtásának) ellátása.
A cél szerinti tevékenységekkel (Gábor Dénes-díj, Gábor Dénes emléke, alapítványi felhívások és kiadványok, Gábor Dénes díjasok klubja, egyéb rendezvények) kapcsolatos valamennyi adminisztratív és ügyintézői munka ellátása. A menedzser távollétében helyettesítése.

A könyvelő feladatai

A számviteli rend biztosítása 2012. január 1-től kezdődően kettős könyvvitellel történik. A könyvelés és adózási kötelezettségek teljesítését, a gazdasági beszámolók összeállítását a megbízási jogviszonyban foglalkoztatott mérlegképes könyvelő végzi.